پوکو F6 پرو سرانجام به‌صورت رسمی آپدیت بزرگ HyperOS 3 را دریافت کرد. این به‌روزرسانی که بر پایه جدیدترین نسخه اندروید، یعنی اندروید ۱۶ توسعه یافته، یک تکامل نرم‌افزاری مهم برای این دستگاه محسوب می‌شود. تمرکز اصلی این نسخه بر هوش مصنوعی، روان‌سازی رابط بصری و پایداری عملکرد برای کاربران است.