نیپا ویروس اولین بار در سال 1999 و در پی شیوع بیماری در خوک ها و انسان در مالزی و سنگاپور کشف شد. در پی آن نزدیک به 300 نفر به این یروس آلوده شدند و 100 نفر نیز جان خود را از دست دادند. این بیماری تاثیر اقتصادی قابل توجهی نیز داشت چرا که بیش از یک میلیون خوک برای کمک به کنترل شیوع بیماری کشته شدند. در حالی که از سال 1999 به بعد، شیوع نیپا ویروس در مالزی و سنگاپور مشاهده نشده است، اما هر ساله در بخش هایی از آسیا، به خصوص بنگلادش و هند شیوع این ویروس گزارش شده است. مشخص شده است که در این بیماری، ویروس از فردی به فرد دیگر منتقل می شود و نگرانی ها را در مورد احتمال ایجاد یک همه گیری در سطح جهانی افزایش می دهد.